Zweck der Organisation HEKS handelt im Auftrag der Evangelischen Kirchen der Schweiz. Seine Tätigkeitsbereiche sind durch Mandate dieser Trägerschaft vorgegeben. Im Ausland sind dies: «Zusammenarbeit mit Kirchen und Aufbauhilfe in Europa», «Entwicklungszusammenarbeit in Afrika, Asien und Lateinamerika» sowie «Humanitäre Hilfe». Im Inland sind dies: «Flüchtlingsarbeit», «Hilfe für sozial Benachteiligte» sowie «Öffentlichkeitsarbeit» (Information in der Schweiz).

Der Ertrag des Werkes kommt nur zu 4% von den Trägerkirchen, d. h. wenigstens teilweise aus Kirchensteuererträgen, auch von juristischen Personen. Obwohl also weit mehr Einnahmen aus allgemeinen Steuermitteln stammen als von der Kirche selbst, wird die Tätigkeit der Kirche zugerechnet und in der Diskussion um die Trennung von Staat und Kirchen als deren Leistung für die Allgemeinheit eingebracht!

16% sind allgemeine Steuergelder von Bund/Kantonen/Gemeinden

39% sind Spenden

21% kommen von "diversen Organisationen", davon fast 50% von der Glückskette